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picto Petit glossaire pour mieux comprendre les analyses de laboratoire


'Sérologie', Bactériologie', 'PCR'; 'ELISA'... Le vocabulaire de laboratoire est riche et il paraît difficile de s'y retrouver sans une solide formation scientifique. Ce n'est pas faux! Connaître quelques définitions simple, permet tout de même de mieux comprendre à quoi servent les analyses, et ce qu'on peut en attendre.


Matériel de bactériologie classique

Pourquoi parle-t-on de technique d'analyse directe ou indirecte ?

 

Une technique d'analyse directe est une technique qui permet de détecter un microbe lui-même (ou un morceau de microbe : son ADN par exemple).

Une technique d'analyse indirecte permet de ne détecter non pas le microbe lui-même, mais les anticorps correspondant à ce microbe.

C'est l'animal qui produit les anticorps. Ce sont des molécules spécifiques destinées à lutter précisément contre un microbe en particulier, que l'animal fabrique quand il est en contact avec lui. Détecter un anticorps c'est donc « indirectement » détecter le germe auquel il correspond. Selon les cas, ces anticorps peuvent persister chez l'animal même après la disparition de la bactérie ou du virus (de plusieurs semaines à plusieurs années).


  • Principes de la bactériologie

Quelle différence existe-il entre une bactériologie et une sérologie ?

 

Une bactériologie est une technique directe qui permet, à partir d'un échantillon de sang, d'urine, de matière fécale, etc., d'identifier les bactéries qui s'y trouvent. Classiquement l'identification s'effectue en 3 temps (voir diaporama ci-contre).

Le choix du milieu de culture, de la température, des colorants et des réactions chimiques utilisées, varie en fonction du type de bactérie qu'on recherche a priori, et donc de la suspicion initiale du vétérinaire. Ce n'est pas une technique qui peut s'utiliser « à l'aveuglette », sans savoir du tout ce qu'on cherche !

Quand on recherche un virus, on parle de virologie. Les techniques sont beaucoup plus complexes et nécessitent des moyens importants.

 

Une sérologie, à l'origine, c'est une technique permettant de détecter les anticorps présents dans le sang : une technique indirecte (voir ci-dessus).

La sérologie informe sur la présence ou non dans l'organisme d'anticorps, témoins d'une contamination plus ou moins ancienne par une maladie infectieuse. La persistance des anticorps permet donc parfois de détecter le passage du germe, alors qu'il a été complètement éliminé, ou s'il persiste dans des conditions qui ne permettent plus de le mettre en évidence directement (comme le virus IBR chez les bovins, qui peut se « cacher » plusieurs années dans certains ganglions, mais qui est « trahi » par la présence des anticorps).

 

Les techniques sérologiques disponibles aujourd'hui sont très nombreuses, différentes, et pas toutes aussi performantes. Chacune est très spécifique d'une seule sorte d'anticorps et donc d'un seul type de microbe. Seule une très bonne connaissance des techniques d'analyse, des caractéristiques des germes et de la nature et la persistance des anticorps produits en réaction par les animaux permet d'utiliser et interpréter correctement la sérologie.


  • Principe d'une analyse ELISA

On parle de technique ELISA, de quoi s'agit-il ?

 

Derrière cette abréviation poétique est regroupée une famille de techniques (sérologiques pour la plupart) basées sur la mise en contact entre un anticorps et un microbe (ou un fragment de microbe), puis la fixation sur ce « complexe » d'un colorant spécifique (voir diaporama ci-contre).

Les techniques ELISA s'appuient donc sur la lecture finale d'une variation de coloration. Grâce à des outils optiques très fins on peut estimer précisément ces variations et effectuer en plus un dosage (un « titrage ») des anticorps ou des microbes présents. C'est évidemment très intéressant mais ces variations infimes ne sont pas toujours simples à interpréter et aboutissent parfois à des résultats « douteux ».


Qu'est-ce qu'une PCR ?

 

Les bactéries et les virus, comme tout organisme vivant, contiennent des molécules d'ADN qui portent leur code génétique spécifique et permettent de les identifier.

La PCR est une technique de biologie moléculaire qui permet « l'amplification » des molécules d'ADN présentes dans un échantillon. Elle permet d'obtenir des millions de copies à partir d'un ADN originellement présent en un unique exemplaire. On dispose ainsi de quantités d'ADN suffisantes pour identifier le virus ou la bactérie auquel il appartient.

La PCR est donc une technique directe, complémentaire des autres techniques, qui révèle des quantités très faibles de bactéries ou virus.


Quelle différence entre la sensibilité et la spécificité ?

 

La sensibilité d'un test diagnostique est la capacité du test à détecter la maladie quand elle est présente ; donc sa capacité à ne pas donner de résultat « faussement négatif » alors qu'en réalité le microbe recherché est présent.

La spécificité est la capacité de la technique utilisée à ne pas « se tromper de microbe » en virant au positif alors que le microbe qu'on recherche vraiment est absent. On parle alors de « faux positif ».

 

Par exemple, le test intradermique pour détecter la tuberculose chez les bovins détecte la quasi totalité des animaux tuberculeux, mais réagit aussi positivement pour des animaux qui ne portent pas la tuberculose, mais certaines bactéries « cousines », souvent anodines. Il y a donc des « faux-positifs », c'est un test sensible, mais peu spécifique.

A contrario, les analyses disponibles pour détecter la paratuberculose ne réagissent qu'en présence du bacille paratuberculeux (et seulement lui), mais elles peuvent assez souvent le « rater » et donner des résultats « faux-négatifs ». Ce sont des techniques spécifiques mais peu sensibles.

 

Une très bonne technique d'analyse est à la fois sensible et spécifique.


Antibiogramme

A quoi sert un antibiogramme ?

 

Un antibiogramme est une technique de laboratoire qui permet de tester in-vitro la capacité d'un panel d'antibiotiques à empêcher de se développer une bactérie isolée à partir un prélèvement . Il permet donc de se faire une idée a priori, de l'efficacité de quelques-unes des principales familles d'antibiotiques contre le germe qu'on a isolé chez l'animal malade ; donc de mieux choisir le traitement.

 

Toutefois, l'antibiogramme à de nombreuses limites qui nécessitent de l'utiliser avec intelligence, sans trop en attendre :

  •  la technique a été calibrée pour l'homme, pas pour l'animal,
  • elle ne teste pas tous les antibiotiques mais seulement quelques-uns,
  • elle ne teste pas toutes les propriétés des antibiotiques (certains sont efficaces alors que l'antibiogramme ne permet pas de le montrer),
  • il n'est pas toujours certain que la bactérie qu'on a pu isoler est bien celle qui est responsable de la maladie,
  • il n'est jamais pas toujours certain que l'efficacité in vitro puisse être reportée telle quelle dans les conditions réelles. L'antibiogramme peut être favorable et l'antibiotique inefficace dans l'animal car beaucoup d'autres facteurs entrent en jeu.

 

Une bonne connaissance des antibiotiques et de leurs propriétés est généralement bien plus précieuse que le résultat d'un antibiogramme.


Aucune technique courante n'échappe donc à la règle : prescrire la bonne analyse est un exercice difficile, et interpréter les résultats l'est tout autant ! Le recours raisonné au laboratoire appartient au métier de votre vétérinaire, tout autant que le choix des médicaments ou la technique chirurgicale. Demandez nous conseil pour éviter des frais inutiles !